Trong vài năm đầu đòi, cậu bé Isac Nevvton yếu ớt đến mức phải đeo một cái vòng đỡở cổ để giữ cho đầu được thẳng. Nhưng rồi, những nguy hiểm đối với cậu đã qua, và mọi người ở Woolsthorpe đều nghĩ rằng, cuối cùng rồi hai mẹ con họ cũng sẽ an bài với một cuộc sống tương đối hạnh phúc và tiện nghi.
Nhưng một lần nữa họ lại nhầm. Khi Newton chỉ mới hai tuổi, mẹ cậu đã nhận lời cầu hôn của mục sư Bamabas Smith, một người đàn ông góa vợ, giàu có, 63 tuổi, sống ở North Witham, một thị trấn cách đó một dặm. Sau khi hỏi ý kiến người anh mình là mục sư WilliamAyscough, Hanna đã quyết định chấp nhận một mình chuyển về sống ở North VVitham và để đứa con trai lại cho bà ngoại chăm nom.
Bị bỏ roi từ lúc còn nhỏ trong những điều kiện bình thường đã đủ là một chấn thương, huống chi chuyện này lại xảy ra vào năm 1645, khi mà cuộc nội chiến ở nước Anh đang diễn ra dữ dội kháp các vùng quê. Woolsthorpe, lúc đầu dưới sự bảo hộ của nhà vua, nay dã bị phế Nghị viện chiếm giữ. Hàng tuần đều có tiếng súng từ những trận chiến ác liệt xảy ra trong vùng và những cuộc xâm nhập của các bên tham chiến nhằm tìm kiếm lương thực và chỗ trú quân. Tất cả những chao đảo hỗn loạn này làm cho chú bé Newton yếu ớt hoảng sợ, và tệ hơn, khi Nevvton kêu khóc đòi mẹ thì bà lại không có mặt ở bên để vỗ về.
Bà của cậu đã cố gắng hết sức để xoa dịu cậu bé, nhưng bản thân bà cũng rất hoảng hốt trước những gì đang xảy ra. Gần như toàn bộ đàn ông có đủ tiêu chuẩn sức khỏe ở Woolsthorpe đều đã bị giết chếi hoặc bị gọi ra trận, chỉ có những linh mục được ở lại để giúp đỡ bảo vệ phụ nữ và trẻ em chống lại sự hung dữ của những toán quân thời loạn
Newton còn hoảng sợ hơn khi bắt đầu phải đến trường học vào năn 1649. Vì yếu ớt ngay từ khi mới được sinh ra, nên cậu rất sợ (và không được chào mời) tham dự vào những trò chơi mạnh mẽ của những đứa con trai khác. Hơn nữa, lại là một đứa trẻ mồ côi, cậu cảm thấy mình thấp kém so với những đứa trẻ khác, mà phần lớn sống trong những gia đình giàu tình thương yêu của cha mẹ.
